云南净化工程公司在做生物制药净化工程在施工过程中通常需要经过以下环节：

1. 初步设计与方案确定：云南净化工程公司根据生物制药厂的需求和要求，初步设计和方案确定是施工前的首要环节。这包括确定净化工艺流程、设备选型、工程布局和安全要求等。

2. 土建施工：土建施工环节主要包括场地平整、建筑结构建设、墙壁、地板、天花板等的搭建，以及相关的管道敷设和设备基础的建造。

3. 空调与净化系统安装：空调与净化系统是生物制药净化工程中重要的一部分，它们包括空调设备、洁净室隔离系统、空气过滤系统等的安装和调试。

4. 设备安装与调试：生物制药净化工程需要安装各种设备，例如反应釜、离心机、纯水系统、冷冻干燥机等。在设备安装完成后，还需要进行设备的调试和验收。

5. 管道与输送系统安装：生物制药净化工程涉及到管道网络和输送系统的建设，包括气体、液体等的输送管道安装、阀门、泵和压缩机等设备的安装。

6. 电气与自动化系统安装：电气与自动化系统是云南净化工程不可或缺的一部分。这包括电力供应系统、仪表控制系统、过程监控系统等的安装和调试。

7. 系统调试和验证：在施工完成后，需要云南净化公司对整个进行系统调试和验证，以确保设备和系统的正常运行，并符合设计和要求。

  以上只是生物制药净化工程施工中的一般环节，具体的流程和环节可能因项目规模、工艺要求和技术特点而有所不同。在施工过程中，还需要根据现场情况进行安全监管、材料采购和质量控制等工作。